為適應新形勢下化學實驗教學發展的須要，原化學系普通化學實驗教研室、近代化學實驗教研室以及部份專門化基礎實驗室于1999年11月合并成立了成都學院基礎化學實驗教學中心。2001年5月，原化學系、技術數學系和月球數學系等系所合并成立了上海學院化學大學，基礎化學實驗教學中心成為化學大學的十個實體之一。中心現任校長為呂斯驊院長、段家祇院士和張朝暉院士。基礎化學實驗教學中心歷任校長為李智院士。
實驗教學中心的實驗室面積目前約為2999平方米，固定資產總值約為3804億元，擁有X射線粉末衍射儀、分子束外延裝置、超高真空STM和多功能真空鍍膜機等價值20億元以上的儀器多臺。
實驗教學中心承當全校的化學實驗教學任務，開辦有面向非化學類理、工、醫學生的“基礎數學實驗”、面向化學類中學生的“普通化學實驗”、“綜合化學實驗”和“近代化學實驗”等課程。能開出的基本實驗有140余個，綜合研究性實驗約100多個。年教學工作量約15千人學時。
實驗教學中心的前身普通化學實驗教研室和近代化學實驗教研室過去在全省實驗化學教學界有很大影響。全省第一本《普通化學實驗》教材（林抒，龔余慶主編獲教育部教材二等獎）和全省第一本《近代化學實驗》教材（吳思誠，王祖銓主編獲教育部優秀教材獎）都分別出自這兩個教研室。原普通化學實驗教研室和近代化學實驗教研室所研發的實驗儀器和首先開出的實驗也被其它院校廣泛采用。1989年，由普通化學實驗教研室的謝慧瑗、陳懷琳和龔余慶三位院長主持的“把握基礎、充實更新、全面提升普通化學實驗課程的建設和變革”項目獲國家科委頒授的教學變革成果特等獎。1993年，由近代化學實驗教研室的吳思誠、王祖銓、呂斯驊、趙汝光和黃飛虎院長主持的“全面革新建設具有世界先進水平的近代化學實驗課程”獲國家科委頒授的第二屆普通高等中學優秀教學成果國家級銀獎。
實驗教學中心創立后，得到了教育部亞行按揭項目、國家理科基地建設項目和中學985項目的大力投入。在實驗教學條件逐漸改善的情況下，首任中心院長呂斯驊院長和歷任中心所長段家忯院士提出了要在現代數學學和現代科學技術發展的水平上全面建立化學實驗課程體系的目標。中心根據“加強基礎，循序漸進，因材施教，全面提升”的教改思路，將專科四年的化學實驗教學統一規劃，把普通化學實驗和近代化學實驗作為整體來考慮，打破了原普通化學實驗中的力、熱、聲、光、電之間，普通化學實驗與近代化學實驗之間，以及近代化學實驗與專門化實驗之間的界限，對這種化學實驗課程進行了重組、融合，初步構建了新的課程體系。新的課程體系在“基礎數學實驗”課中加入了近代化學實驗的內容，結束了過去非化學類中學生接觸不到近現代數學內容的歷史；不僅在“普通化學實驗”中降低了設計性實驗的內容外，在五年級念書期還增設了一門研究型的必修課“綜合化學實驗”，在“近代化學實驗”課中也加入了研究型實驗模塊，大大加大了對中學生創新能力的培養。2000年和2001年實驗中心的教學變革成果——“全面變革化學實驗教學的體系和內容，培養有堅實基礎的創新人才”分別獲上海市教學成果銀獎和教育部教學成果二等獎。2005年實驗中心分別被評為首批上海市和國家級實驗教學示范中心。2005年和2006年普通化學實驗課分別被評為上海市和國家級精品課。2007年近代化學實驗課分別被評為上海市精品課和國家級精品課。
實驗教學中心有一支高素養的班主任隊伍。“近代化學實驗”課主持人吳思誠院士從事化學實驗教學四十余年，在國外實驗化學教學界享有很高的威望，為首批國家名師獎獲得者，并兼任教育部化學學與天文學教學指導委員會副部長委員達15年之久，任第一、二屆全省院校化學實驗教學研究會理事長。“普通化學實驗”課主持人、中心所長段家忯院長歷任全省院校化學實驗教學研究會理事長。實驗中心教員大都承當或承當過國家自然科學基金的重點基金或面上項目，涉及的研究領域包括表面化學、半導體化學、磁性薄膜、高溫超導、光學和非線性數學等。先后發表論文約200多篇，其中發表在Phys.Rev.Lett.、Phys.Rev.、Appl.Phys.Lett.、J.Appl.Phys.等主流刊物上的有50多篇。吳思誠院士、季航院士、張朝暉院士和劉春玲副院長為博士生導師。
實驗教學中心一貫注重教材建設。在1981出版全省第一本《普通化學實驗》教材和一套《普通化學實驗指導》書后，在課程變革的基礎上，我們對變革成果進行了總結，在2002年3月由上海學院出版社出版了《基礎數學實驗》教材。2006年1月由高等教育出版社出版了《新編基礎化學實驗》（“十五”國家級教材），該教材在《基礎數學實驗》基礎上降低了二十幾個新的基本實驗和若干設計、綜合研究性實驗的范例。1986年，吳思誠和王祖銓院長主編的全省第一本《近代化學實驗》（第一冊、第二冊）教材由上海學院出版社出版，其中，第一冊包括了1980年全省大會制訂的教學大綱中規定的29個實驗，第二冊包括了18個選做實驗。該教材1992年12月獲第二屆普通高等中學優秀教材全省優秀獎。1995年《近代化學實驗》教材第二版由上海學院出版社出版，該版教材1998年又獲國家科委頒授的國家科委科技進步（教材）二等獎。2005年《近代化學實驗》第三版作為“十五”國家級規劃教材由高等教育出版社出版，2007年該教材又在“十一五”國家級教材規劃中立項。
在教學儀器的設計和研發方面實驗教學中心也仍然有著優良傳統。實驗儀器的研制是實驗化學的一個重要方面，也同樣應當是實驗化學教學的一個重要方面。教學中心使用的教學儀器有相當一部份是我們自己設計，并由我們或廠家生產制造。在往年的實驗教學儀器評選中，實驗教學中心共獲得了四項銀獎，是各院校中最多的。近些年來，實驗教學中心更多地讓中學生參與了教學儀器的研發物理教學雜志，使儀器研發本身也成為教學的一部份。
基礎數學國家級實驗教學示范中心（上海學院）（以下簡稱“中心”）是首批國家級實驗教學示范中心，由實驗室與設備管理部和化學大學共同領導。中心具有健全的管理制度，包括“北京學院實驗室工作細則”、“北京學院儀器設備管理辦法”等校級管理制度和“物理實驗教學中心實驗室管理制度”、“物理實驗教學中心院長職責”、“物理實驗教學中心技術人員崗位職責”等一系列內部細則。2018年，中心創立了教學指導委員會，聘請朱守華等6位校內外著名專家兼任委員。教學指導委員會定期舉辦大會，審議中心的管理與運行情況和未來發展規劃。
為適應數學學拔尖人才培養的新要求，中心三年來對兩門主干核心課程“普通化學實驗”和“近代化學實驗”進行了重點建設，通過實驗內容升級、教學模式更新等多種手段全面提升課程的高階性和先進性，有效保證了面上教學的高品質，“近代化學實驗”和“普通化學實驗”先后獲準為第一批、第二批國家級一流專科課程。為強化優秀中學生的特殊培養，中心還重點塑造了兩門教改課程，分別是開辦于2018年的“綜合普物實驗”和開辦于2014年的“前沿數學實驗”，通過研究型的教改課程滿足優秀中學生科研訓練的需求，推動優秀中學生快速成長。
2022年，上海學院開始施行“物理學科卓越人才培養計劃”，每年面向國外外選拔不超過100名數學學科拔尖、綜合素養優異的學生，通過超常規的措施推動拔尖創新人才的選拔培養，支撐國家原始創新和科技實力整體躍升。為探求卓越人才培養的有效路徑，中心于2022年冬季為剛入學的首屆“卓越班”學生非常開辦了周末班“普通化學實驗”物理教學雜志，并專門構建課程內容和培養方案，將課程由單一的“傳統課堂實驗”調整為“課堂實驗”、“自主學習實驗”和“自主實驗”三部份內容，通過更為靈活、豐富和不同類型的內容設置全面強化對中學生動手實踐能力和創新精神的培養，上述東正教學模式和課程內容在期終調查問卷中遭到“卓越班”學生的普遍好評。
實驗室安全管理方面，中心按要求制訂了安全規范制度并嚴格執行，定期自查，全面保障所有教學實驗室的運行安全，保持了至今安全零車禍的記錄。教學管理方面，中心構建了專門網站，為中學生提供了全面系統的實驗課學習資料用于預習、實驗選題和師生交流，并開發了電子報告上傳和批閱系統、二維碼課程管理系統等。5年來，中心網站系統平臺對外開放運行，療效良好，截止2022年，網站信息化資源總數約，年訪問量約55600人次。
今后，實驗教學中心將堅持以中學生為本，力圖打造一個體系完整、設施健全、思想先進、內容充實的高品質專科化學實驗教學多級平臺，為培養高素養的數學人才服務。