學校設有21個學院（系）、4所直屬附屬醫院。 現有教職工（含附屬醫院）13590余人，全日制在校生17000余人。 現有臨床醫學、基礎醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、護理學一級學科博士學位授權點1個。 擁有臨床醫學、口腔醫學等6個一級學科福建醫科大學排名，2個博士學位專業學位授權點； 9個碩士學位授權一級學科，9個專業碩士學位授權點。 現有臨床醫學、基礎醫學博士后科研工作站2個，博士后工作站4個福建醫科大學排名，院士工作站2個。 臨床醫學、藥理學與毒理學、化學、神經科學與行為學、生物學與生物化學5個學科進入ESI全球排名前1%。 現有臨床醫學、基礎醫學等省級學科6個，腫瘤免疫藥物研制國家地方聯合工程研究中心、消化道惡性腫瘤重點實驗室等省部級科研平臺44個。教育部、國家代謝病研究中心。 建有國家臨床醫學研究中心福建省分中心、國家老年病臨床醫學研究中心福建省分中心2個。 “十三五”以來，承擔各類科研項目5000余項，發表SCI收錄論文8400余篇。 獲中華醫學科技獎、福建省科學技術進步獎、福建省醫學科技獎等獎項174項。
