-GUI（）是一個網(wǎng)頁平臺才能交互建立復(fù)雜模擬的輸入模型，模型可用于、NAMD、、AMBER、、、、和軟件。-GUI的開發(fā)項目已被廣泛用于各類目的，現(xiàn)今包含許多不同的模塊，借以Input模塊中構(gòu)建廣泛的分子模擬系統(tǒng)。
一、使用說明
1.使用前要先用學(xué)術(shù)郵箱注冊，驗證郵箱后直接登陸就可以去建我們想建的模型
2.登入帳號后，依次點擊Input-->-->，還會出現(xiàn)右圖，網(wǎng)頁下拉能夠看見/以及Only兩個模塊。
可以幫助用戶生成一系列輸入，以建立用于分子動力學(xué)模擬的蛋白質(zhì)/膜復(fù)合物。
*注意在notethat下邊有三句話：
1.lipidcanbebuiltwithDMPC,DPPC,DOPC,POPC,DLPE,andPOPE.（DMPC、DPPC、DOPC、POPC、DLPE和POPE可產(chǎn)生均質(zhì)脂類雙分子層）
2.alipidcanbebuiltwith434lipid(seelipidlist).（非均相脂類雙分子層可以由434種不同的脂類分子組成（看lipidlist））
3.thecanbeusedforalipid(onlyusingthe).（非均質(zhì)膜建立模塊可用于均質(zhì)脂類雙分子層建立）
二、構(gòu)建非均質(zhì)膜
1）點擊Only，
2）點擊NextStep:，還會出現(xiàn)右圖所示頁面：
出現(xiàn)一行紅字：”Lipid”選項不在支持，可以使用”Lipid”來建立Lipid。所以我們直接
3）點擊Lipid，出現(xiàn)右圖：
*注：
BoxType:長圓形（默認）
多邊形（只有、NAMD、支持）
ofZbasedon:
Water水層寬度，默認值22.5，是體系底部和頂部的最小水層高度
水素數(shù)細胞膜模型制作，默認值50，是每位脂類分子對應(yīng)的水份子數(shù)
通常選擇water的默認值或則更改默認值
ofXYbasedon:
oflipid脂類成份百分比
oflipid脂類成份的數(shù)目
ofXandY:NUM(初猜)
（X軸和Y軸的系統(tǒng)規(guī)格必須相同）
LipidType脂類類型[e]脂類所帶電荷
TailInfo[sn1/sn2]尾信息鍵盤箭頭放起來才會出現(xiàn)脂類的二維圖
Ratio()上半層脂類所占比列（具體數(shù)量）
()下半層脂類所占比列（具體數(shù)量）
Area脂類的表面積
其中Ratio()/()填寫比列還是具體脂類分子數(shù)取決于3中，我們選定的是oflipid，還是oflipid。
實際建立大腸鏈球菌細胞膜，磷脂雙分子層組成：POPE：POPG：POCL1=75%：25%：5%，選擇如右圖：
根據(jù)比率選擇后，點擊showtheinfo按鍵，還會出現(xiàn)右圖紅框中的內(nèi)容：
點擊網(wǎng)頁右下角NextStep:thesize，等待估算過程完成，會出現(xiàn)右圖：
通常這頁沒有錯誤，就可點擊NextStep，之后添加平衡離子，默認是KCL，假如要修改離子類型，須要點擊，重新估算修改后離子的數(shù)量模擬體系的規(guī)格，X、Y、Z個方向，點擊NextStep:Buildmodel，等待估算完成得到右圖頁面：
點擊Nextstep:，等待估算過程完成出現(xiàn)右圖頁面：
點擊Nextstep:，等待估算過程完成出現(xiàn)右圖頁面：
氣溫可更改view，可以點開看模型，這兒要自己自動選擇，選擇完成后
點擊Nextstep:and，估算完成后出現(xiàn)右圖：
點擊頁面右上角的.tgz，才能下載-GUI建完后的非均質(zhì)磷脂雙分子層模型。
四、解壓獲取拓撲文件夾
下載完成后細胞膜模型制作，解壓后會得到、兩個文件夾以及若干文件，文件夾下包含拓撲文件夾以及用于模擬的輸入文件以及參數(shù)文件。
我們把文件夾復(fù)制到Linux系統(tǒng)中，打開文件可以看見#!/bin/csh，該文件是一個cshshell文件，運行命令：chmod+x;csh即可對模型進行動力學(xué)模擬。右圖紅框是更改及添加的內(nèi)容，根據(jù)更改后文件可順利運行。