SPM的應用領域是廣闊的。無論是數學、化學、生物、醫學等基礎學科，還是材料、微電子等應用學科都有它的用武之地。
SPM的價錢相對于電子顯微鏡等小型儀器來講是較低的。
同其它表面剖析技術相比，SPM有著眾多優勢，除了可以得到高幀率的表面成像，與其他類型的顯微鏡相比（光學顯微鏡，電子顯微鏡）相比，SPM掃描成像的一個巨大的優點是可以成三維的樣品表面圖象，還可對材料的各類不同性質進行研究。同時，SPM正在奔向更高的目標發展，即它除了作為一種檢測剖析工具，并且還要成為一種加工工具，也將使人們有能力在極小的尺度上對物質進行改性、重組、再造．SPM對人們認識世界和改建世界的能力將起著極大的推動作用。同時受制其定量化剖析的不足，因而SPM的計量化也是人們正在旨在于研究的另一重要方向，這對于半導體工業和超精密加工技術來說有著非同通常的意義
掃描隧洞顯微鏡(STM)在物理中的應用研究似乎只進行了幾年，但涉及的范圍已極為廣泛。由于掃描隧洞顯微鏡(STM)的最初期研究工作是在超高真空中進行的，因而最直接的物理應用是觀察和記錄超高真空條件下金屬原子在固體表面的吸附結構。在物理各學科的研究方向中，電物理可算是很活躍的領域，可能是由于電解池與掃描隧洞顯微鏡(STM)裝置的相像性所致。同時對相界面結構的再認識也是電物理家們常年關注的課題。專用于電物理研究的掃描隧洞顯微鏡(STM)裝置已研發成功。
SPM近年來應用的領域越來越多，其中主要的不僅獲得高分辨的二維和三維表面形貌外，在線檢測是個熱點，其中包括了生物活體的在線檢測和數學物理反應的在線檢測。在材料領域中，人們借助它來研究腐蝕的微觀機理。腐蝕是一種發生在固體與二氧化碳或液體分界面上的現象。其實一般人眼就可以看見腐蝕導致的結果，而且腐蝕都是從原子尺度開始的。在生物醫學研究對象也從最初的DNA迅速擴大到包括細胞結構、染色體、蛋白質、膜等生物學的大部份領域。更為重要的是，SPM作為靜態觀察，還可以實現動態成像，按分子設計制備具有特定功能的生物零件、生物機器、將生物系統和微機械有機地結合上去。在微機械加工方面：因為SPM的針尖曲率直徑小,且與樣品之間的距離很近(<1nm)，在針尖與樣品之間可以形成一個高度局域化的場，包括力、電、磁、光等。該場會在針尖所對應的樣品表面微小區域形成結構性缺陷、相變、化學反應、吸附質移位等干擾，并誘導物理沉積和腐蝕，這正是借助SPM進行納米加工的客觀根據。同時也表明，SPM不是簡單拿來成像的顯微鏡，而是可以用于在原子、分子尺度進行加工和操作的工具
在納米規格、分子水平上SPM是最先進的測試工具，它在材料及微生物學科中發揮了極其重要的作用，可以預測在今后新材料的發展以及闡明生命領域的一些重要的問題中將會發揮重要作用。結合SPM家族中的各種剖析手段，比如MFM，SKPFM，AFM等，搜集材料的各類信息電子測量顯微鏡，對材料進行納米級和原子級別的原位觀察，具有重要的意義。
任何事物都不是十全十美的一樣，SPM也有令人遺憾的地方。因為其工作原理是控制具有一定質量的探針進行掃描成像，因而掃描速率遭到限制，測效率較其他顯微技術低；因為壓電效應在保證定位精度前提下運動范圍很小（無法突破100μm量級），而機械調節精度又難以與之銜接，故不能做到象電子顯微鏡的大范圍連續對焦，定位和找尋特點結構比較困難；
目前掃描探針顯微鏡中最為廣泛使用棒狀壓電掃描器的垂直方向伸縮范圍比平面掃描范圍通常要小一個數目級，掃描時掃描器隨樣品表面起伏而伸縮，倘若被測樣品表面的起伏超出了掃描器的伸縮范圍電子測量顯微鏡，則會造成系統未能正常甚至損毀探針。為此，掃描探針顯微鏡對樣品表面的粗糙度有較高的要求；
因為系統是通過測量探針對樣品進行掃描時的運動軌跡來推知其表面形貌，為此，探針的幾何長度、曲率直徑及各向異性就會造成成像的失真（采用探針重建可以部份克服)
