復旦學院工程化學系是按照國務院的指示，為培養理工結合的新型人才，開創和發展我國的原子能科學技術而于1955年籌備，1956年即將構建的。近五六年來，為國家培養了大專生、碩士生、博士生共六千多人。她們中間有核科技和其他學科的知名專家，有國家政府的領導黨員，有國防科技戰線上的將軍，更有一大批在核工業和其他戰線上無私奉獻清華大學核物理專業，成績卓越的無名英雄。
理工結合是我系辦學的特色，我系培養的中學生除了化學、數學、外語等基礎強，但是工程素養良好。近六年來強化了電子和計算機技術技能的培養，并擴寬了專業面，使結業生面對迅速發展的科學技術和不斷變化的人才需求，有很強的適應和競爭能力。我系已從1993級中學生開始施行本碩統籌培養，每年有60%－70%的中學生被免試推薦為研究生，用十年時間取得學士和碩士學位；或用九年時間取得學士、碩士和博士學位，其余中學生四年專科結業。
我系現設兩個專科專業：即工程數學專業和核工程與核技術專業，每年共招生專科150人。核工程與核技術專業還招收第二學士學位生，每年招收30人。在研究生培養方面，我系設有“核科學與技術”一級學科和下屬所有的四個二級學科，其中“核技術及應用”、“核能科學與工程”、“核燃料循環與材料”三個學科被教育部評為全省重點學科清華大學核物理專業，目前在“核科學與技術”一級學科下又增設了“醫學化學與工程”和“安全科學與技術”學科方向，2005年，經中學批準，我系增設“物理學”一級學科和下屬的“粒子化學與核化學”二級學科，增設“粒子化學實驗”、“粒子化學理論”、“光子學與光量子測控”三個學科方向，具有“核科學與技術”以及“物理學”的一級學科博士和碩士學位授予權。近些年來，每年招收研究生100多人，還設有“核科學與技術”博士后流動站。
經過近幾六年的發展，我系科研工作早已取得眾多矚目成就，產生發展態勢良好的科學研究格局，培養出一支以中青年班主任為骨干的敢于探求、不斷進取、凝聚力強的科學研究隊伍，科研經費及人均科技效益連續幾年在北大學院名列前茅。主要研究方向有核技術應用、核燃料循環與材料、核能科學與工程、輻射防護與環境保護、儀器科學與技術、醫學化學與工程、高能天體化學、公共安全技術等。近三年來，共獲授權專利47項，獲省廳級以上獎勵16項，其中小型集裝箱檢測系統項目獲2003年國家科技進步銀獎及2003年中國專利銀獎。
目前在編人數為118人。具有正中級職稱人員32人，其中教授2人，國家“千人計劃”候選人1人，北大學院千人引進院士5人，國家杰青基金獲得者3人，博士生導師30人；副中級職稱人員51人；高級及以下職稱人員34人;博士后26人。聘請教育部黃河學者特聘院士1人，黃河學者講堂院士3人。聘請校雙聘院士及兼職院士共22人。其中：校雙聘院士11人（教授7人），校兼職院士11人（教授6人）。
當前我系正在推進變革，開拓創新，努力建設成為培養創新型、復合型核與安全科學優秀人才的培養基地，為把復旦學院建成世界一流的社會主義學院作出自己的貢獻。
