室溫的本質(zhì)，是分子、原子的內(nèi)部震動的動能，以及整體的平移運(yùn)動的動能。氣溫越高，震動越劇烈，平移運(yùn)動的速率也越快。其實有平移的運(yùn)動，就有分子間的撞擊，這些撞擊，既改變兩個分子的平移運(yùn)動的速率，也改變兩個分子內(nèi)部震動。正是通過這些方法，實現(xiàn)二氧化碳和液體分子的熱傳導(dǎo)，達(dá)到熱平衡，也就是在統(tǒng)計上，每位分子的內(nèi)部震動的動能，以及整體的平移運(yùn)動的動能大致差不多——更詳盡的，則是動能的大小概率，根據(jù)玻爾茲曼函數(shù)分布。真正理解體溫，可能須要一定的化學(xué)基礎(chǔ)分子熱運(yùn)動的劇烈程度，但寬泛而言，清楚如下的事實即可：
鍵能，是一個與氣溫?zé)o關(guān)的量，無論氣溫為多少，只要分子結(jié)構(gòu)是一樣的，鍵能就是一樣的。但氣溫越高，內(nèi)部震動也越劇烈，可以覺得假如劇烈到一定程度，震動的動能才能與鍵能相當(dāng)?shù)臅r侯，就有可能造成破裂——但應(yīng)當(dāng)記住，鍵能只與頓時的分子構(gòu)象有關(guān)，和原子的運(yùn)動速率沒有關(guān)系，也就是和氣溫沒有關(guān)系。
能壘，也是一個與氣溫?zé)o關(guān)的量，一個物理反應(yīng)，不管氣溫為多少，只要走的是同一個反應(yīng)通道，能壘都是一樣的。其實，不同的水溫，也就有了不同的動能，這種動能，還能幫助分子跨過能壘，因而促使反應(yīng)更容易——但這絕不是指氣溫下降造成能壘增加！
迸發(fā)態(tài)、激發(fā)能，原理上也與氣溫?zé)o關(guān)。也只與頓時的分子結(jié)構(gòu)有關(guān)。但不同水溫下，分子的平衡結(jié)構(gòu)有一定的變化，甚至?xí)毫粼诓煌膩喎€(wěn)態(tài)結(jié)構(gòu)，這就造成出現(xiàn)了氣溫影響了迸發(fā)態(tài)的表象。
分子的震動，估算震動的原理也十分簡單，也就是在平衡位置（能量最高點）對結(jié)構(gòu)進(jìn)行微小改變，這樣得到能量與結(jié)構(gòu)的變化趨勢，也就是得到能量與鍵長鍵角的關(guān)系（一階梯度、二階梯度，其中二階梯度就是力），其實也可以用解析的方法，通過公式推論得到能量的梯度，梯度得到之后，就得到震動譜。須要注意的是，這個估算過程，和氣溫沒有任何關(guān)系。而氣溫的本質(zhì)，無非就是氣溫越高，振幅越大，震動能量越大而已，反過來說，震動越劇烈，造成所謂的氣溫越高。因而可以估算不同水溫下的熱力學(xué)性質(zhì)，這種熱力學(xué)性質(zhì)，實際上就是在不同水溫下，震動的劇烈程度。簡而言之，震動譜和氣溫沒有關(guān)系，熱力學(xué)性質(zhì)由震動譜決定，與氣溫有關(guān)系——是通過玻爾茲曼分布對震動劇烈程度進(jìn)行分布，玻爾茲曼分布是和濕度有關(guān)的一個分布函數(shù)，通過這些分布，將體溫考慮進(jìn)來。用一個形象的比喻：理想的彈簧的震動性質(zhì)，實際上只和彈簧的彈性系數(shù)有關(guān)，理想彈簧的彈性系數(shù)和氣溫沒有關(guān)系，但氣溫越高，彈簧彈的越劇烈，具體有多劇烈，就是用玻爾茲曼分布公式來確定。
能量分解，是與氣溫?zé)o關(guān)的一個東西。就好象勢能面是與氣溫?zé)o關(guān)，一樣的道理。之所以升溫容易反應(yīng)，只不過是熱量提供了能量，致使分子抵達(dá)了能量較高的結(jié)構(gòu)而已。并不是說氣溫不同，所以勢能面不同了。無論多少度的能量分解，都是一樣。電子的能量，只與分子結(jié)構(gòu)有關(guān)，和分子的熱運(yùn)動的能量（震動情況）無關(guān)。在熱運(yùn)動（震動）過程中，分子的結(jié)構(gòu)每一霎那都在改變。每一霎那的能量分解都不同，而且只依賴當(dāng)時那一霎那的結(jié)構(gòu)。
總的來說，量子物理估算，都是基于一個靜態(tài)的結(jié)構(gòu)。而實際上，原子總是在運(yùn)動的，雖然是在絕對零度，原子也是在運(yùn)動的。只不過氣溫越低，運(yùn)動越是平緩、幅度越微弱。所以就算是在絕對零度，量子物理估算的也只是在運(yùn)動中的某一個頓時的結(jié)構(gòu)的性質(zhì)。一般，我們做能量最小化，得到的結(jié)構(gòu)就是絕對零度的時侯的震動的一個平衡位置分子熱運(yùn)動的劇烈程度，形象的說，一個彈簧在震動的時侯，有一個狀態(tài)是平衡狀態(tài)，與這個狀態(tài)相比，拉長會有回縮的趨勢，壓縮會有伸長的趨勢。
而分子動力學(xué)模擬，本身原理十分簡單，在給定一個原子的分布以后，軟件一般會隨機(jī)地給那些原子一個初始的速率，同時估算出在這個情況下，每位原子的受力，這樣原子的初始座標(biāo)、初始速率、力（也就得到了加速度）都有了，因而接出來怎么運(yùn)動，就確定了。在這樣的加速度下運(yùn)動一個時間段（在分子動力學(xué)模擬中，稱作時間步長timestep），之后再度估算每位原子的座標(biāo)、速度、力（加速度）。這么重復(fù)。在timestep以內(nèi)，覺得加速度不變，這實際上是一個粗糙的近似，由于只要在運(yùn)動，力肯定是變化的，也就是說加速度是變化的。但真正完全精確的連續(xù)精確地處理加速度，這不現(xiàn)實，也沒有必要。由于力場本身就不精確。
為此，假如使用的力場是絕對精確的，這么timestep越小，結(jié)果越精確，但timestep越小計算量越大；同時力場本身就不是精確的，所以timestep過小沒有意義，并不會減小精度，但也不能過大，過會議帶來很大的偏差（誘因如上一段所說）。通常合鐵錠體材料，timestep大概為1～2fs，而涉及物理反應(yīng)的模擬，通常timestep不能太大，0.25fs是合適的。
