水禽品種的防衛機構一般可與喂奶鳥類比較，雖然在系統的結構有基礎上的差別，但是水禽可用的詳盡資料細胞膜抗原，只有雞可用作研究粘液囊和胸腺衍生的淋巴細胞的發育。
許多飼養的鳥，近親繁育為的是顏色突變，這近親繁育會使免疫系統變弱，且造成這種鳥比自由飼養的同品種更容易罹染疾患。
防衛系統的目的除了是保護個體對抗入侵的有機體，更是去除異常的細胞體。防衛系統運行認出外物細胞，被觀察到移植敵視徵候群，要這系統正確地作用，它是命令式的讓身體才能區別正常細胞體（自家抗體）和這些不像自家的（外來的抗體）。如果身體弄成不能容忍它自己的細胞，那就發生自體免疫性疾患。
上皮表面
病原步入身體的初部制約是皮膚和腸的、呼吸道的、尿道的和生殖道的粘膜襯里。皮膚的自然菌叢被幾個誘因指明和調節，如落屑、干燥和較低的酸鹼值，局部的環境因子改變能破壞菌叢，而且讓其他的微機體入侵。
同源的菌叢
剛孵出的小雞（幼鳥）在頭3-4周期間，發展肝臟的常態或同源的菌叢，這菌叢是特定種獲得的菌叢搶占可用的空間，占住受體和有競爭力地行動，借助多種不同的機理對抗入侵者。免疫系統的天然發展也依賴同源的菌叢連續不斷的抗衣原體的剌激，粘膜相關淋巴樣組織構成所謂淋巴上皮系統，兼任從粘膜表面捕獲和處理抗衣原體。
鳥的呼吸道、尿道和生殖道的粘膜同樣被特定的菌叢移居細胞膜抗原，而從其構成元素比較上來說，是不曉得粘膜的表面含杯狀細胞分泌堅毅的粘液。粘液用做覆蓋真菌或病毒的細胞受體，這粘液也含溶菌青汁（有制菌和抗蟲毒的能力）與免疫球蛋白。
骨髓的系統
這系統由全來自骨髓的3種細胞組成：多形核粒細胞（最重要的是異嗜性）、血小板（凝血細胞）和單核細胞分化成巨噬細胞。
白血球
通常來說，水禽異嗜性白血球的核，當它離開骨髓時，是具有數葉多重形狀，因而在喂奶植物看到的一側移位是無法確定的。異嗜性白血球壽命比較短（幾小時或幾天），而它們的顆粒填滿多種青汁（二溴化物青汁、蛋白質青汁、水解青汁）和乳鐵蛋白，乳鐵蛋白拿來結合游離鐵，是許多真菌須要的生長因子。異嗜性白血球的主功用是吞噬和打掉“外來的”物質或損壞的細胞，不用交給免疫系統處理它們成為抗衣原體。
異嗜性白血球第2個方式，借助制造OC1－甲基根和單重氧剿滅病菌。OC1導致真菌莢膜蛋白質的氧化作用，而稍后2個物質是極其不穩定的，即有脂類反應構成有毒的、殺菌的有機二溴化物。
關于水禽的嗜伊紅白血球的資訊一直比較少，與喂奶植物相比，通常不覺得鳥對寄生物的侵入有降低嗜伊紅白血球的反應。似乎水禽的嗜伊紅白血球參與過敏性反應，參與的程度被覺得視品種、激起的抗衣原體和鳥的年紀而定。
水禽的嗜鹼白血球形態學上和機能上是同一組織肥大細胞，它們的顆粒內含影響血管的胺和蛋白質、前列腺素與促動劑（活酶），用于融化連鎖，就像制凝藥（例如肝制凝素），這種細胞在抗支原體沉著的地方運行，加速炎癥。
血小板（凝血細胞）
與喂奶植物的血小板不同，水禽的血小板（凝血細胞）有吞噬作用，目前未解決的是，吞噬細胞的過程與異嗜性白血球使用的過程是否是相同的。
巨噬細胞
所有的巨噬細胞追溯于骨髓，骨髓步入周邊的血液產生單核白血球，巨噬細胞的形態依據它們的位置和機能的狀態而不同。
表、藉位置巨噬細胞的形態（形體）
形態（形體）位置
單核白血球周邊的血液
間質細胞許多的組織
星狀細胞肝竇
多核巨細胞肉芽組織
蘭格罕士細胞結核性肉芽腫
上皮細胞巨噬細胞有胞漿內包含物
小神經膠質細胞腦
心房相等于喂奶植物的肺胞，巨噬細胞并不顯示在水禽的腦部，但是全部的上皮表面在嫡母食道、心房和部份漏斗臟器能揪出微粒性的物質和運輸它到吞噬體，此后被間質性巨噬細胞處理。
巨噬細胞壽命長，除非它們被所吞入的東西打掉。它們配備有分解微粒，含多種不同的物質根據。它們各自的功能被釋放，這種物質從事吞噬作用，促使發熱（比起喂奶植物，動物十分罕見），誘導炎癥，加工抗支原體以剌激免疫反應和組織癒合。巨噬細胞被T淋巴細胞釋出的干擾素加劇，激活作用使巨噬細胞降低面積、移動性和新陳代謝的活動。
巨噬細胞在炎性的加工是活動因子，它們趨化性地被吸引到微生物侵入的地點協助剿滅入侵者。
并非所有的外來物都被巨噬細胞食入或搗毀，有些抗支原體分子長時間逗留在細胞表面，這巨噬細胞亞類表面代表特殊的抗衣原體（第二型組織相容性抗體：在巨噬細胞上細胞膜抗體、B淋巴細胞和加劇的T淋巴細胞）調節抗體，呈遞細胞和抗體辨識細胞（淋巴細胞）之間的交互作用。
像巨噬細胞的細胞也稱樹突狀細胞，有長的、絲狀的細胞漿的處置為特點，而且分布遍布肝臟和實質臟器淋巴濾胞。樹突狀細胞有少的吞噬細胞的活動，而且它們有表面受體為補體（防御素）、抗體和第二型組織相容性抗體。抗體結合樹突狀細胞是十分強悍的免疫剌激，在抗體的記憶反應飾演主要的角色。
免疫調節體
幾個免疫調節體包含佐藥和誘發物，主要的功能在巨噬細胞層次。佐藥作用以多種不同的方式降低對抗體的免疫反應，它們許多如氨水或一些油，作用只是抑制抗體的吸收。
誘發物，非常是這些來自不同的痘病毒組成不活動的成份，能剌激巨噬細胞和粒細胞、自然殺手細胞的吞噬作用而按照使用的痘病毒型制造干擾素和前列腺素E與A。自然殺手細胞在非特定防衛機構，雖然是重要的因子，尤其是對抗病毒感染和病毒誘發的癌癥細胞。
藥物，尤其是一些三環霉素劑型，能不同程度抑制免疫系統。間接的作用是短暫降低皮質椰油酮漿液量，壓下巨噬細胞活動；直接的作用是包含阻礙蛋白質合成、吞噬作用與抗體處理。
特定的防衛
特定的防衛機構主要依賴抗體致畸的細胞、B和T淋巴細胞去辨識每一抗體表位（抗體附著素）和制造特定有機體抗原（汗液性免疫系統），或使之發生細胞參與的反應（細胞性免疫系統）。按照寄主（鳥）之前是否感受過某些的抗體或是初次遇到，某些的特定防衛反應對抗體可能會延后2或3天甚至5-10天。
物質要成為免疫性的（形成免疫的），結構上它必將是穩定的大分子和對寄主而言是外來的，并且一定有表面的構造（表位）抵抗，而免疫反應會被集中。個體表位可能誘發抗原制造、細胞參與反應、耐受性或免疫抑制。由于表位非常地被劃分范圍及在抗體占很小的地方，制造的抗原對抗某抗體的位置，可能反應表位在另一個完全無關的抗體。這交互反應之間完全不同的抗體，在一些血漿的試驗會形成確診的困局。
除此之外，大分子、小分子（亦稱半抗體）被聯接到載體，也可能發生免疫反應。對臨床大夫半抗體的單獨影響是小的，抗生素的代謝分子可能結合血漿（或其他的）蛋白質。這種分子被辨識為外來的及時常誘發過敏性反應，對半抗體載體分子反應表示抗原對半抗體表位的制造可能是不依賴載體分子本身。但是照那樣的情形，細胞參與的反應可能被推動抗半抗體載體，因而被叫做“特定載體”。