基礎數學虛擬仿真實驗中心不斷創新建立管理機制，逐步提升實驗教學水平，逐漸產生了以下特色與創新。
（1）秉持“誠毅”校訓，把“船員教育和培訓質量體系”作為中心實驗教學質量的保證體系
“誠以為國，實事求是，大公無私；毅以處世，百折不撓，努力拼搏”，這是校主陳嘉庚先生留給廈門學院的寶貴精神遺產。本中心秉持校主祖訓，通過樹立“以人為本”的教學理念來傳承嘉庚精神，將“誠毅”精神貫串在實驗教學中。中心嚴格執行中學的質量總方針，把“船員教育和培訓質量體系”作為中心實驗教學質量的保證體系。1997年國家頒授了《中華人民共和國海員教育和培訓質量理規則》西南大學物理虛擬仿真實驗室，規定航海類高校必須構建“船員教育和培訓的質量管理體系”，并接受主管機構的外部初審。我國航海類高校構建質量標準體系從某種意義上說是國際公約和政府有關行業部門的一項強制性要求。我校航海技術、輪機工程、船舶電氣等專業《大學化學實驗AⅠ》《大學化學實驗AⅡ》《大學化學實驗B》課程均受控于該“質量管理體系”，并將ISO質量管理體系引入到學院化學實驗教學和中心的管理中，并作為中心實驗教學質量的保證體系。
（2）構建了實驗設備更新和虛擬仿真實驗自主開發相結合的機制
近些年來，隨著中心建設經費的不斷投入西南大學物理虛擬仿真實驗室，先進設備不斷降低，為實驗項目整修和設備更新提供了良好的抓手。與此同時，中心也推動了虛擬仿真實驗項目的自主開發腳步。因為象德國PASCO化學實驗設備等價錢高昂，為了能在有限的實驗設備套數的情況下開辟盡可能多的實驗項目，中心常年堅持尋求外圍配件自主開發的途徑。在此基礎上，近些年來中心先后新開發了實驗項目20多項，其中自主開發了基于PASCO化學實驗設備的虛擬仿真實驗項目8項，不但節省了大量資金，同時也極大地提升了實驗技術人員的研制能力和中學生的實驗療效。
PASCO科學工作室是日本PASCO公司研發的應用計算機進行數學量實時檢測、數據采集與處理的系統工具。將其大規模應用于基礎數學實驗還須要配置相應的進口化學儀器設備，因而，成套引進基于PASCO科學工作室的基礎數學實驗須要大量建設經費。中心于2002年引進基于PASCO科學工作室的基礎數學實驗設備，通過中心老師的自主研制，在國外率先將國產化學實驗設備與PASCO科學工作室有機結合在一起，全面引進了60套PASCO科學工作室插口，將插口與國產化學實驗設備相融合，開發了8項基于PASCO的系列基礎數學虛擬仿真實驗項目，每年受惠中學生3600多人，每年完成實驗人時數54825，教學療效良好，并為中學節省了大量進口化學實驗設備經費支出。
通過實驗中心老師自主研制的8項基于PASCO科學工作室的基礎數學仿真實驗，在國外頗具特色，已在《大學化學》《物理實驗》《實驗室研究與探求》《大學化學實驗》《哈爾濱師范學院學報》《青島學院學報》《長春工業學院學報》《集美學院學報》等刊物發表教學研究論文12篇，開發的虛實結合的仿真實驗項目已全部應用于《大學化學實驗AⅠ》《大學化學實驗AⅡ》《大學化學實驗B》《物理實驗Ⅰ》《物理實驗Ⅱ》《物理實驗Ⅲ》《物理實驗Ⅳ》等基礎數學實驗教學中。
（3）構建了開放式、分層次、多模式的數學虛擬仿真實驗教學體系
中心于2002年自行開發了化學實驗教學管理系統，2004年開始面向全校理、工、農、管等33個專科專業施行開放式、模塊化的基礎數學實驗教學。經過10多年的教學實踐，構建了開放式、分層次、多模式的基礎數學虛擬仿真實驗教學體系，即基礎驗證性實驗層次，教學集中模式；綜合設計性實驗層次，開放模式；創新性實驗層次，開放研究模式；實物演示實驗，開放匯演模式等。
經過10多年的教學實踐，中心構建了一套行之有效的開放式教學管理辦法。通過實驗教學管理系統，依照不同實驗課程和實驗平臺，分別設置了“必選實驗”“二選一實驗”“四選二實驗”“任選實驗”等實驗教學模塊，構建了7門基礎數學實驗課程的項目庫。
通過化學實驗教學管理系統，中學生可自主選擇實驗內容、實驗時間和實驗班主任，可自主選課、退課、查詢成績、考試資格并出席考試抽簽；班主任可通過系統選擇實驗項目、實驗時間并錄入成績；課程負責人可通過系統設置實驗模塊、選課要求、課程參數、成績參數、考試抽簽設置；系統具備選課統計與剖析、成績統計與剖析、儀器使用統計與剖析、教師任課明細與工作量、期末考試資格篩選、期末考試抽簽、學生成績獎勵與扣分、電子課程檔案、師生通信等功能。中心網站具有仿真實驗教學補習、在線開放教學指導、實驗預習與衡量系統、實驗考試與衡量系統、仿真實驗資源系統和基本資料查詢等功能。
為了激勵中學生多做實驗、做好實驗的積極性，中心在考評辦法中引入了賞罰機制。但凡多選實驗項目而且成績低于70分的，由管理系統手動估算加分分值；平常成績低于80分的，也由管理系統手動給與獎勵加分。為了防止中學生選課后無故缺勤、浪費實驗資源，我們引入了懲罰舉措，由管理系統手動記錄中學生無故翹課、未完成實驗或24小時內臨時退課的扣分分值。
為了鼓勵中學生平常做好每位實驗，我們引入了免考機制，即平常總評成績（平常平均成績+獎勵加分-扣分）低于免試分數時，給以免考；平常總評成績高于于免試分數時，必須出席期終考試。實踐證明，開放式、模塊化教學和賞罰結合的考評辦法，有利于推動中學生多做實驗、做好每位實驗的積極性，教學療效良好。
中心于2001年開發了網路版基礎數學仿真實驗系統。該系統集成了33個網路版基礎數學仿真實驗項目。所有實驗項目均按照中心的實際儀器制做仿真內容，每位實驗項目包括實驗原理、實驗儀器、實驗內容和數據處理，可供校內外中學生網上預習、仿真操作和數據處理，已全部應用于《大學化學實驗AⅠ》《大學化學實驗AⅡ》《大學化學實驗B》《物理實驗Ⅰ》《物理實驗Ⅱ》《物理實驗Ⅲ》《物理實驗Ⅳ》等基礎數學實驗教學中，教學療效良好。
近些年來，中心著手提高建設新一代WPF基礎數學虛擬仿真實驗系統，借助中央支持地方院校發展資金，與企業合作自主開發了4個在廣東省頗具特色的小型精密貴重化學實驗儀器仿真資源，先后建成了22個新一代WPF基礎數學仿真實驗資源，仿真化學實驗預習系統、仿真化學實驗考試系統、物理實驗開放式教學管理系統。該系統資源可應用于“大學化學實驗平臺”“普通化學實驗平臺”“近代化學實驗平臺”的教學中，進一步提高了中心的虛擬仿真實驗教學水平。
